La competizione fu giocata per la prima volta nel 1953, ma nell'ambiente dilettantistico era stata già disputata tra il 1919 e il 1933.
La denominazione di Série A3 risale al 1994, mentre in precedenza il torneo si chiamava Terceira Divisão, in italiano terza divisione.
Tra i club che militano o hanno militato nella Série A3 del campionato Paulista vogliamo citare il Mogi Mirim Esporte Clube, una società calcistica con sede nella città di Mogi Mirim, nello stato di San Paolo. Fondato nel 1932, la squadra ha sempre preso parte alle competizioni della Federação Paulista de Futebol, diventando un club professionistico negli anni Cinquanta. Inizialmente, i risultati ottenuti dalla squadra furono mediocri e deludenti, poi, negli anni Ottanta, il Mogi Mirim fu promosso nella massima divisione del Campionato Paulista, contestualmente all'arrivo in squadra del presidente Wilson de Barros.
Il torneo di calcio Paulista Série A3 viene disputato con cadenza annuale dal mese di gennaio a quello di aprile. Il sistema di assegnazione dei punti prevede: 3 punti per una vittoria, 1 punto per il pareggio, 0 punti per una sconfitta.
Fino al 2019, quando il torneo ha cambiato formato, al campionato di calcio di terzo livello A3 partecipavano 20 squadre. Le prime quattro squadre in graduatoria ottenevano la promozione in Série A2, mentre le ultime quattro retrocedevano in Segunda Divisão.
Nella fase iniziale della competizione, le 20 formazioni si affrontavano in diciannove round nei quali tutti affrontavano tutti. I 6 club che ottenevano il punteggio più basso venivano retrocessi automaticamente in Seconda Divisione, mentre le 8 squadre con il punteggio più alto approdavano ai quarti di finale, dove le squadre venivano abbinate secondo le loro classifiche della stagione regolare: in questa fase, il primo classificato affrontava l'ottavo, il secondo affrontava il settimo, il terzo giocava contro il sesto e il quarto affrontava il quinto in graduatoria.
Nelle semifinali, le squadre venivano classificate secondo il loro record della Regular Season e dei quarti di finale combinati e venivano associate secondo il seguente criterio: il primo classificato sfidava il quarto, mentre il secondo club affrontava il terzo.
Nella fase finale, le due formazioni vincitrici delle semifinali si affrontavano nella finalissima del torneo e il vincitore si laureava campione Paulista A3.
I cambiamenti del torneo dal 2019
A partire dal 2019, le squadre ammesse sono diventate 16, ma le regole di svolgimento sono rimaste simili. Con il meccanismo attuale, si assiste ad una prima fase in cui ogni squadra affronta tutte le altre. Le due squadre con il punteggio peggiore retrocedono alla Segunda Divisão, mentre le prime otto si affrontano nella fase a eliminazione diretta finché non restano soltanto in due a disputare la gara finale.
La Série A3 del calcio professionistico brasiliano dello stato di San Paolo fa parte del campionato di calcio Paulista fondato nel 1902 successivamente alla creazione della lega calcio di San Paolo.
Oltre alla Série A3, il campionato Paulista comprende altre tre categorie: la Série A1, ovvero la massima serie del calcio professionistico Paulista, la Série A2 (seconda divisione) e la Segunda Divisão, l'ultimo livello del calcio nello stato di San Paolo.
Risalente al 1902, il Paulistão, ovvero il campionato di calcio Paulista, è stato il primo campionato istituito in Brasile, organizzato in parallelo alla Taça Paulista.
Il campionato è organizzato con cadenza annuale dalla Federação Paulista de Futebol (FPF).
La massima categoria del calcio professionistico Paulista segue la formula del girone di sola andata, dove le formazioni con il piazzamento migliore sfruttano il vantaggio del fattore campo.
Al termine della Regular Season, le ultime quattro squadre classificate retrocedono in seconda categoria, le prime quattro accedono ai play-off per il titolo, mentre le quattro migliori squadre che non hanno sede a San Paolo si affrontano allo scopo di contendersi la Coppa dell'Interno, un torneo riservato alle squadre provinciali.
La fase dei playoff si svolge secondo il criterio delle sfide di andata e ritorno, con semifinali e finali. Il club vincitore della finale si laurea campione dello stato di San Paolo.